Le manga met en scène les aventures de Bobobo-bo Bo-bobo, un héros à la coupe afro qui se bat contre les l'Empire Chauvekipeut qui a décidé que chacun devait être chauve, à l'image de l'Empereur Crâne d'oeuf 4e du nom. Pour cela, les brigades capillo-tracteuses sèment la terreur. Bo-bobo ne peut pas laisser faire une telle tuerie. Grace à sa technique secrète du Hanagé Shinken, l'art ancestral des poils de nez, où il utilise ses poils de nez à des fins offensives, il compte faire règner la paix dans son monde. Il connait des techniques de combats telles que “la technique des poils de nez constrictor” ou “la technique de la furie des poils de nez". Les combats se déroulent assez étrangement, tant on à l'impression que le but est de sombrer dans la folie la plus totale.
Au cours de sa quête, il rencontrera diverse personnes qui le suivront.